Lisansüstü programlar, yüksek lisans, doktora ve tıpta uzmanlık programlarını kapsar. Türkiye’de, bu programlar enstitüler aracılığı ile yürütülür. Yüksek lisans programları, tezli ve tezsiz olmak üzere iki şekilde yürütülebilir. Tezli yüksek lisans programı en az yedi ders, bir seminer dersi ve tez çalışmasından oluşur. Tezsiz yüksek lisans programı ise en az on ders ve dönem projesinden oluşur. Yüksek lisans programlarını bitirme süresi 2 yıldır.

Doktora programları, en az yedi ders, yeterlik sınavı, tez önerisi ve tez çalışmasından oluşur. Doktora programı derslerini tamamlama süresi en çok 4 yarıyıl, doktora programını bitirme süresi ise 8 yarıyıldır. Doktora programlarına başvurabilmek için yüksek lisans derecesine sahip olmak zorunludur. Tıpta uzmanlık programları doktora programları ile eşdeğer düzeydedir ve üniversitelerin Tıp Fakültelerinde ve Sağlık Bakanlığı veya Sosyal Sigortalar Kurumu’na bağlı hastanelerde yürütülmektedir.

Lisansüstü programlara başvuracak adayların, başvurularında, genellikle, tamamladıkları eğitime ait diploma, aldıkları derslerin içerikleri ve not çizelgesine ek olarak, referans ve niyet mektupları ve Türkiye’de yapılan Lisansüstü Giriş Sınavı (ALES) sonucu veya uluslararası düzeyde tanınmış bir lisansüstü giriş sınav sonucu (GRE, GMAT vb.) sunmaları gerekmektedir. Her üniversite ve programın farklı kabul kriterleri olabilir.